Từ năm 1992 đến nay, Trường Trung học cơ sở – Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến đã trải qua 5 tên gọi khác nhau:

• Năm 1992–1996: Trường Phổ thông cấp hai Dân lập Nguyễn Khuyến.
• Năm 1996–2002: Trường Phổ thông cấp hai – ba Dân lập Nguyễn Khuyến.
• Năm 2002–2007: Trường Trung học phổ thông Dân lập Nguyễn Khuyến.
• Năm 2007–2009: Trường Trung học phổ thông Tư thục Nguyễn Khuyến.
• Từ năm 2009, trường chính thức lấy tên Trường Trung học cơ sở – Trung học phổ thông Nguyễn Khuyến.
• Năm 2019: do cơ sở 3A, 3B kết thúc hợp đồng thuê đất với quân đội, một số cổ đông của trường thành lập trường mới tại khu dân cư Celadon (đối diện chợ Sơn Kỳ), ban đầu vẫn lấy tên THCS – THPT Nguyễn Khuyến, sau đột ngột đổi tên trường thành TH – THCS – THPT Lê Thánh Tông. Hiệu trưởng mới là thầy Đỗ Văn Trị (nguyên là PHT trường Nguyễn Khuyến).